Neo vive come un abile hacker fino all'incontro con Morpheus, questi gli mostra la spaventosa realtà  di MatriX e il suo ruolo di "messia". Neo ha la capacità di piegare le regole del MatriX a suo favore e ciò gli consente di poter fare cose impensabili per gli altri. Insicuro sul suo ruolo e confuso Neo avrà molto da fare prima di rivelarsi come salvatore della razza umana. Per gli eventuali poteri dell'eletto potete consultare l'apposita parte riportata sulle regole del gioco.

Comandante della Nabuccodonosor e indiscutibilmente capo carismatico della resistenza  Morpheus crede ciecamente nella profezia dell'Oracolo per cui l'eletto metterà fine alla guerra. Fedele fino all'inverosimile Morpheus è disposto a mettere in gioco la sua stessa vita per i suoi ideali e per far ciò che ritiene sia giusto. Possiede indiscutibili doti di leadership e un grande carisma, è inoltre un abile combattente corpo a corpo e letale con l'uso delle armi da fuoco e da taglio.
* Questo è un colpo speciale e può essere usato solo una volta per combattimento, inoltre non può essere parato ( per ulteriori informazioni consultate il file scaricabile "Conosci il Kung Fu?" )

Trinity è il vice comandante di Morpheus, abile, letale e bellissima è una abile esperta nelle arti marziali, infallibile con le armi da fuoco e un ottima hacker. Trinity si innamora presto di Neo e tra i due sboccia presto un amore forte e profondo che li terrà insieme e uniti fino alla fine. Trinity è una persona più sensibile di quanto appaia ma è dotata di grande forza di spirito che la rende pronta a qualunque sacrificio per una giusta causa.
* Questi sono colpi speciali e possono essere usati solo una volta per combattimento, inoltre non possono essere parati ( per ulteriori informazioni consultate il file scaricabile "Conosci il Kung Fu?" )

Stanco, avvilito dalla vita del "modo reale" , dalla fede di Morpheus e dai continui rifiuti alle sue avanches di Trinity Cypher è il traditore a bordo della Nabuccodonosor, in cambio del suo reinserimento nel MatriX vende il suo comandante all'agente Smith e tradisce e uccide molti dei suo compagni.

Giovane, inesperto ma anche il più ottimista a bordo Mouse è affascinato dall'idea che Neo possa essere veramente l'eletto, purtroppo la sua inesperienza gli costerà la vita quando si fermerà ad affrontare da solo un intera squadra S.W.A.T. andata a arrestare tutto il gruppo guidato da Morpheus.

Switch è il membro più freddo e logico del gruppo, piuttosto amica di Trinity è una tipa sbrigativa che non si fa troppi guaii a risolvere i problemi a colpi di pistola. Abile combattente e letale con la pistola sembra ci sia una certa attrazione tra lei e il tenebroso Apoc. Switch morirà tristemente per mano di Cypher proprio a causa del tradimento di quest'ultimo.

Granitico membro della Nabuccodonosor Apoc è un tipo dal sangue freddo, logico, sempre pronto e audace sembra abbia una relazione con Switch ( con cui è particolarmente affiatato nei combattimenti ) , inoltre è un buon combattente corpo a corpo e un infallibile tiratore con la pistola. Come Switch morirà a causa del tradimento da parte di Cypher.

Assieme a suo fratello Tank Dozer è l'unico umano al cento per cento presente sulla Nabuccodonosor, Dozer è il meccanico del gruppo e oltre a mantenere sempre in ordine la nave si occupa anche della manutenzione dei computer. Emotivo di natura Dozer morirà ucciso da Cypher caricandolo a testa bassa dopo aver visto il traditore colpire alle spalle suo fratello Tank.

Tank è un tipo imprevedibile ma estremamente dedito al dovere, fedele a Morpheus si dimostra disposto a sacrificarlo per la salvaguardia di Zion. Curioso, di carattere aperto ma anche rissaiolo di natura Tank è un tipo da prendere con le pinze e nonostante non sia grande e grosso come Dozer è un vero e autentico duro.

A capo dei tre agenti alla caccia di Morpheus Smith sembra aver sviluppato un carattere molto più indipendente rispetto ai suoi subordinati. Stanco e disgustato dal MatriX è pronto a tutto pur di ottenere l'accesso al mainframe di Zion. Intelligente, freddo, spietato e calcolatore Smith non sa cosa sia la pietà ed è pronto a tutto pur di raggiungere il suo scopo e poter essere finalmente "libero" dai suoi doveri.

Brown è il diretto attendente di Smith e sembra che tocchi a lui svolgere la maggior parte del lavoro da intermediario tra Smith e le forze locali dell'ordine. Brown sembra sospettare le fobie del suo capo e sebbene non ne metta mai in discussione gli ordini si dimostra sorpreso in più di un occasione del comportamento del suo superiore.

Il "braccio" del gruppo di agenti Jones è il primo a scendere in campo quando se ne presenta il bisogno. Forte spietato e abile combattente Jones metterà in serio pericolo la vita di Neo, di lui si sa veramente poco visto che si limita ad annuire eseguendo senza dire nulla gli ordini e le direttive di Smith e Brown.