Diventato capace di gestire il suo enorme potenziale Neo si troverà davanti molte decisioni difficili e alla fine accetterà il suo doloroso compito di messia nonostante questo gli costi la sua vita e quella di Trinity. Il suo scontro finale con Smith e il suo sacrificio permetterà di creare la pace fra gli uomini e le macchine ponendo così le basi per una nuova era.
* Neo può utilizzare qualunque arma desideri alla percentuale massima, grazie alla sua capacità di crakkare il sistema è anche in grado di manovrare cose impensabili per altro come un palo segnaletico e di volare liberamente in aria.

Ormai dedito solo alla distruzione di tutto Smith infetta ogni cosa gli capiti a tiro, inglobando l'Oracolo ne acquisisce le immensa potenzialità assorbendo in seguito tutti gli abitanti del MatriX. Nello scontro finale sconfigge persino Neo ma viene inevitabilmente distrutto dal Deus-Ex-Machina. Lo scopo finale di Smith è la distruzione di entrambi i mondi, quello degli uomini e quello delle macchine.

Niobe è un guerriero, amata di Morpheus di lunga data si mise con Lock dopo che Morpheus dedicò tutto se stesso alla ricerca dell'eletto. Niobe è logica e non crede nelle profezie ma proprio dopo l'incontro con l'Oracolo decide di dare la sua fiducia a Neo donandogli la Logos. Alla fine delle guerra ritorna con Morpheus ma durante la battaglia si dimostra forse il più forte e determinato difensore di Zion.

Amico intimo di Trinity ( di cui è segretamente innamorato ) Ghost è il fidato braccio destro di Niobe. Abilissimo nelle arti marziali è un combattente a dir poco formidabile sia nel corpo a corpo che nell'uso delle armi. durante la crisi finale a Zion seguirà Niobe fino in fondo dandole tutto l'aiuto possibile e dimostrandosi uno degli uomini più valorosi di Zion.

Operatore a bordo della Logos Sparks sembra sempre essere contrariato dalle scelte avventate di Niobe, pauroso per natura non gradisce le missioni considerate senza speranza ma viene puntualmente ignorato dai suoi due compagni. Nonostante Sparks spesso sia in disaccordo con Niobe ne esegue comunque sempre con solerzia gli ordini.

Capitano coraggioso e impavido Mifune sembra essere un vero samurai, disposto a dare la vita per la causa morirà facendo strage di sentinelle nel molo di Zion. Un grande dote di Mifune è di capire subito le persone infatti sarà lui ad affidare a Michael il compito di aprire le porte alla Hammer.

A capo della difesa di Zion Lock ha il comando dell'intera flotta degli Hovercraft. Dopo la notizia che le macchine hanno cominciato a scavare verso Zion inizia ad elaborare un piano di offensiva che purtroppo fallirà miseramente per l'intervento di Smith. Realmente innamorato di Niobe perderà l'amore di quest'ultima opponendosi a Morpheus fino alla fine, tuttavia Lock è una persona che ha veramente a cuore le sorte dei suoi uomini e dei cittadini di Zion.

 Liberatosi da se dal MatriX Michael crede fermamente in Neo, durante la battaglia assisterà con grande coraggio il capitano Mifune e rimasto praticamente solo riuscirà ( con l'aiuto tempestivo di Zee ) ad aprire le porte del molo alla Hammer permettendole di distruggere con gli impulsi elettromagnetici la prima ondata di sentinelle e salvando Zion.

Donna forte e fragile allo stesso tempo si dimostrerà anche una valente guerriera durante l'assalto delle macchine a Zion. Indomabile e coraggiosa oltre a rallentare la perforazione delle trivelle delle macchine sarà proprio lei assieme a Michael a permettere di arrivare a Zion alla Hammer aprendo i cancelli del Molo.

L'artefice del MatriX è dotato di grande intelletto, la sua abilità di pianificazione è grande e l'unica cosa che sembra in qualche modo sfuggirgli sono i sentimenti umani. La sua parlantina sciolta e il suo modo pacato e mellifluo di agire gli concedono il vantaggio del dubbio visto che mentre parla non fa che alternare parti di verità, parti di menzogna e altro ancora nominato solo a metà. Come l'Oracolo sembra essere dotato di grandi poteri sui quali però non si sa nulla.

Servitore fedele del Merovingio questo strano individuo conduce un treno sotterrano che sembra trovarsi in una specie di zona di transito tra il mondo reale e quello delle macchine, ovviamente egli risiede nel MatriX e in quel posto è mortale come tutti ma sembra che nelle stazioni sotto il suo controllo le speciali capacità utilizzate da chi si collega non funzionino. Chiunque finisca nel suo territorio non può uscirne senza il suo consenso e ovviamente senza l'autorizzazione del Merovingio.