Dopo essere sfuggito a Raccoon city Leon è stato arruolato dal governo americano in un gruppo di agenti speciali al servizio del Presidente. La sua missione in Spagna inizia quando la figlia del Presidente degli stati uniti viene misteriosamente rapita e le sue tracce portano Leon in uno sperduto paese della Spagna chiamato "El Pueblo". Leon non può immaginare che dietro il rapimento di Ashley si muove in realtà lo spaventoso e mostruoso gruppo chiamato gli Illuminados e diretto con spietata efficenza da Osmund Saddler. Durante la sua missione Leon rincontrerà Ada Wong ( una donna che incontrò a Raccoon e per cui nutre sentimenti contrastanti ) che alla fine gli sottrarrà il campione di Saddler, comunque Leon riuscirà a distruggere gli Illuminados e a tornare alla "civiltà" assieme a Ashley. Durante la sua missione Leon rimane infettato dagli Illuminados e per un periodo di tempo acquisterà ( grazie alla contaminazione ) una forza e un'agilità molto superiori a quelle di un uomo normale.
 MIRINO : Quando un'arma viene equipaggiata con un mirino la sua Penetrazione Speciale raddoppia

 Giovane ragazza innocente e molto dolce Ashley non è una ragazza schizzinosa o arrogante come si potrebbe pensare di qualcuno che ricopre la sua posizione. Il suo coraggio verrà messa a dura prova durante la sua fuga dagli Illuminados assieme a Leon ma Ashley non si limiterà a seguire il suo salvatore e anzi si dimostrerà essenziale in più di un'occasione. Ashley è terrorizzata all'idea di diventare un burattino privo di volontà nelle mani di Saddler ma proprio per i piani che Osmund ha in serbo per lei Ashley non viene mai ferita dai mostri al servizio del capo degli Illuminados. Ashley non ha grandi doti fisiche ma è piuttosto intuitiva e sa quando ascoltare gli altri e agire rapidamente senza discutere.

 Ricercatore di grande intelligenza e talento ha assistito Osmund Saddler nei suoi esperimenti fino a quando non ha compreso la follia, e la portata, del suo piano criminale. Luis anche se all'apparenza può sembrare un ragazzo bello ma superficiale ha invece un profondo senso di responsabilità e deciderà di ribellarsi a Saddler e gli Illumindas mettendo a rischio la sua vita e rubando il campione del Virus. Nonostante si allei con Leon comunque Luis non riuscirà a veder distrutto il gruppo di Saddler perché ques'ultimo lo scoverà nel castello di Salazar e lo ucciderà con un colpo alla schiena riprendendosi così il campione che Sera aveva trafugato dai suoi laboratori con tante difficoltà.

 Dopo essersi salvata a Raccoon City da Wesker Ada è diventata un suo agente e si trova ad investigare sugli Illuminados e le loro attività per cercare di impossessarsi del campione ideato da Saddler. Non si sa con esattezza se Ada lavori per Wesker di sua spontanea volontà o meno ma è lampante che tra lei e Leon c'è una reciproca attrazione anche se nessuno dei due lo ammetterebbe mai. Ada è una spia tremendamente abile e i suoi progressi dai tempi di Raccoon sono lampanti, agile, bellissima e letale è una esperta tiratrice con le armi ma nonostante tutto verrà catturata da Saddler e riuscirà a fuggire dall'isola con il campione solo grazie all'intervento di Leon che la salverà dopo una violenta battaglia.

 Capo del villaggio "El Pueblo" Mendez è uno dei tre diretti subordinati di Saddler, il suo corpo è stato sottoposto a massicce mutazioni genetiche e benché all'apparenza possa sembrare ancora umano il suo reale aspetto è sorprendentemente mostruoso. Capace di sopravvivere anche con solo metà del corpo Bitores è un mostro di incredibile forza e potenza, sa muoversi velocemente e in assoluto silenzio ed inoltre il suo occhio rosso ( artificiale ) è l'unico modo per fare aprire la porta a riconoscimento retinico che conduce dal villaggio al castello di Salazar.

 Ultimo erede della dinastia dei Salazar Ramon è un completo succube della volontà di Saddler ( nonostante lui pensi di non esserlo )  arrogante e presuntuoso adora pavoneggiarsi e si ritiene sempre padrone delle situazioni, nonostante sia all'apparenza umano ha la capacità di "fondersi" assieme ad uno dei suoi due servitori Verdugo con un enorme "fiore" mutante e diventare così una spaventosa creatura gigantesca ( le caratteristiche in bianco si riferiscono a quando si trova in questo aspetto ). Quando si trova trasformato il copro di Ramon è protetto da un robusto bozzolo chitinoso e l'unico modo per liberarsi di lui è quello di colpire all'occhio la creatura gigantesca che una volta ferita ( si deve effettuare una Penetrazione Speciale ) aprirà il bozzolo lasciando ai P.G. la possiblità di colpire il corpo di Ramon.

 Ex marine degli stati uniti Krauser fu dato per morto due anni fa, probabilmente ha subito massicce mutazioni dall'Umbrella ( per cui forse lavora nonostante la società dovrebbe essere di fatto scomparsa ). e' stato Krauser a rapire e consegnare Ashley a Saddler per comquistarne la fiducia ma il suo vero scopo è  di impossessarsi del campione di Osmaund. Nella sua versione mostruosa Saddler presenta una specie di ala metallica al posto del braccio sinistro, questa estensione gli conferisce 12 punti armatura e l'unico modo per ferirlo è colpirlo in un punto non protetto effettuando una Penetrazione Speciale. Krauser ha una passione per i coltelli ma è abile con molte armi, le sue doti sovraumane gli danno una grande rapidità nei movimenti che Krauser utilizza negli scontri per schivare e spiazzare il nemico.

 Capo degli Illuminados e unica vera Grande mente che si nasconde dietro a tutto Saddler è un grande scienziato che mira al dominio del mondo. Il suo reale aspetto è quello di una creatura gigantesca con quattro zampe da ragno ma Osmund si mostra sempre con il suo aspetto umano. La sua posizione gli conferisce la capacità di avere un totale e assoluto controllo su tutti gli individui contagiati dalle Plagas e questo lo fa sentire invincibile per non dire quasi divino, Saddler è un pazzo maniacale che crede di avere tutto e tutti in suo pugno, nonostante si dimostri tenace nel perseguire i suoi scopi il suo sottovalutare Leon gli costerà caro e alla fine di un difficile duello verrà fatto a pezzi dall'agente americano.